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话说天下大势，分久必合合久必分，生物分类亦复如是。在分子生物学这一利器介入分类学之后，过去基于形态的生物分类逐渐显露出严重不足，有些生物类群的分类被拆的七零八落，甚至被颠覆。
大熊猫，熊科大熊猫亚科大熊猫属
猎豹，猫科猫亚科猎豹属
有了分子生物学，长期在孤独的大熊猫科和熊科大家庭之间游移徘徊的国宝大熊猫，终于找到了最佳归宿----它就是熊科的一员，与之亲缘关系最近的熊是生活在美洲的眼镜熊。猫科的分类则废黜了猎豹亚科，猎豹被归入猫亚科，因为根据分子生物学的研究成果，猎豹和美洲狮是最近的亲戚。这样的例子不胜枚举，不服不行，DNA证据胜于雄辩。
犬科亦不例外。犬科分类原本就存在很大争议，按照学界较为主流的看法，犬科分为三个亚科：犬亚科、薮犬亚科和狐亚科，分别代表狼类、豺类和狐类三个类型，共13属36种。
狼
黑背胡狼
犬亚科以犬属为主，包含7个物种：狼、红狼、郊狼、亚洲胡狼、侧纹胡狼、黑背胡狼和埃塞俄比亚狼。狼包括世界各地的狼亚种、新几内亚歌犬、澳洲野犬以及所有的家犬，家犬不算独立物种，只是狼的驯化亚种。犬属的狼、红狼、郊狼、亚洲胡狼和埃塞俄比亚狼之间没有明显的生殖隔离，其中红狼本身就是狼和郊狼的杂交产物，而侧纹胡狼和黑背胡狼却显示了与其它犬属动物的高度不亲和性，这说明原犬属内部也是亲疏有别。
鬃狼
小耳犬
除了犬属之外，犬亚科还有3个属：鬃狼属、南美胡狼属和小耳犬属，其中南美胡狼已因人类捕杀等原因而灭绝，就剩下鬃狼和小耳犬，均生活在南美洲。鬃狼以身体高挑大长腿著称，喜欢独立独往，是犬科动物中唯一一种以植物性食品为主的种类，而小耳犬则名声不响，是很低调的犬科物种，动物园中也难得见到。
豺
非洲野犬
薮犬
薮犬亚科门丁不旺，只有3属3种，分别是豺（亚洲野犬）、非洲野犬（现在改叫杂色狼）和薮犬。豺即豺狼虎豹之豺，在我国有产出，因毛色棕红而被呼为“红狼”；非洲野犬分布于非洲大陆，毛色斑驳，故名“杂色狼”；薮犬是最怪异的犬科成员之一，小头小脸小耳朵，在加上小短腿，乍看貌似和犬科没什么关系。
赤狐
北极狐
藏狐
貉
狐亚科比犬亚科和薮犬亚科都要兴旺的多，所有以狐为名的物种都在这里，比如赤狐、藏狐、北极狐、耳廓狐、和灰狐等等。俗名为“狸”的貉也是狐亚科的成员。话说这个一丘之貉的貉，长得低矮臃肿，脸上又化了浣熊似的彩妆，一般人还真有可能分不清它和浣熊。
上面说的是犬科的传统分类方法，但现在犬科的分类发生了重大变化。薮犬亚科已经不复存在，因为根据分子生物学的结论，豺（亚洲野犬）、非洲野犬和犬属之间的差异并非像之前想象的那么大，而高挑的鬃狼却被证实和小短腿薮犬有着最亲的亲缘关系。和其它犬属物种格格不入的黑背胡狼和侧纹胡狼被踢出了犬属，因为它俩和犬属的关系，比豺、非洲野犬和犬属的关系还要远。
按照最新的分类，犬科动物有三条主要支系：狼型犬科动物，包括犬属、豺属和非洲野犬属等（黑背胡狼和侧纹胡狼已经独立成属）；南美犬科动物，包括鬃狼、薮犬、小耳犬、阿根廷狐等南美洲原生犬科动物；狐型犬科动物，包括红狐、北极狐、耳廓狐在内的绝大部分南美洲以外的狐狸。狐亚科的多半成员仍然属于狐型犬科动物，只有少部分被调整。
灰狐，虽然它很像狐狸，但不是真正的狐狸
除了上述三个主要支系之外，还有两个物种位于分支的基部：灰狐和岛屿灰狐，这俩货在狐亚科的一堆狐狸精中本来就显得格外孤立，分类学家对它们一直就很挠头。作为犬科动物，它们居然会爬树！现在尘埃落定，分子生物学的证据说明，灰狐和岛屿灰狐在犬科动物属于另类的小支系，它们的远祖在犬科动物分化之初就已经另立门户了。
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