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遗传优良特性，自根砧苹果苗的矮化砧会直接从母株上分离出来，就可继承母株中的优良特性；矮化效果显著，自根砧苹果苗的品种会直接嫁接到矮化砧的根系上，矮化的效果就会更好；整齐度高，自根砧通过无性繁殖，所以苗木一致性高；早果丰产，自根砧的主干长势会更好，产量更多。
1、遗传优良特性
自根砧苹果苗的矮化砧大多数都是从母株上面分离下来的，这个过程中不会产生性细胞的结合以及减数的分裂。染色体也还没有重新进行组合，仅仅进行了简单的有丝分裂，新形成的植株和母株的特性完全相同。
2、矮化效果显著
适合密植栽培的自根砧苹果苗是把品种直接嫁接到矮化砧的根系上面，矮化的效果就不会被砧段长度限制。苗木的矮化效应就会更好，矮化效果也会更加显著，而苹果矮化中间砧苗木的矮化效果各不相同。
3、整齐度高
自根砧苹果苗的砧木通过无性繁殖，所以植株间的遗传差异较小，苗木具有较高的一致性。果园的整齐度也较高果实个体较为均与一致，但是矮化的中间砧苹果苗的果园整齐度较差。
4、早果丰产
自根砧的苹果苗的主干长势更好且产量也高，着色速度快，糖度较高，果实个体比较均匀。由于矮化的自根砧苗木的长势较快，适合通过纺锤形进行整形，且果园就会更加方便管理，获得的经济收益会更高。
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