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营养因子
大豆连作和许多蔬菜作物一样，如果常年种植在一块地上，会破坏土壤的营养结构。因为大豆每年都会从土壤中吸收相同的养分，所以土壤中的养分会被片面地消耗掉。因此，不能满足大豆生长对养分的需求，导致大豆植株生长不良，产量下降。另外，大豆在发育过程中会发生一种水解作用。这种效应将导致土壤全氮含量呈线性增加，而速效钾和速效磷含量将大幅降低，严重影响大豆的正常生长。
有害因素
大豆在同一块土地上连作，则极易产生多种病虫害，严重威胁大豆的生长。如大豆连作土壤中存在大量的大豆寄生菌斑病、胞囊线虫病和菌核病。这些病虫害的病原体和虫卵将在这块地上越冬。第二年，在环境适宜的情况下，可以再次获得病害条件，这将继续对第二年种植的大豆造成危害。年复一年，病虫害会越来越严重，产量自然会直线下降。
生物因素
生物因素是大豆减产的主要原因之一。如果大豆在同一块地种植3年以上，土壤中的微生物种群会发生很大变化，产生更多的腐败菌。它包括降低大豆的发芽率，破坏根系等微生物。其中，真菌能抑制连作大豆的生长发育。抑制素是植物产生的有机质的一部分，会对土壤结构造成很大的破坏，降低大豆的产量。
植物因子
大豆连作对土壤养分结构影响很大，土壤养分结构过于单一。大豆的理化性质和生物活性也会发生变化，造成严重的病虫害，造成大豆发育不良，植株生长衰退。因此，植物的冠层分布将是不平衡的。一般来说，中间层的叶面积会减少，叶子会枯萎。大豆产量下降的主要原因是生产能力下降，养分积累不足。
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