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1、猝倒病
猝倒病是西红柿幼苗的主要病害，也是果蔬的主要病害。猝倒病会使幼苗从出土的幼苗中损伤到3-4片真叶。在发病初期，幼苗的茎基部就像一个被水浸泡的病斑。病情严重后，病斑迅速扩大。在茎周围一周，茎的基部收缩，很快变薄变软。
防治措施：可采用700倍的灭克或500倍的普力克进行根灌根或喷洒防治。
2、疫病
在西红柿幼苗感染病菌初期，西红柿植株茎基部呈深绿色水渍状软腐或猝倒，有时茎基部呈黑褐色，严重时幼苗萎蔫死亡。
防治措施：可用500倍普力克喷洒防治。
3、立枯病
在发病初期幼苗根系呈深褐色椭圆形斑点。病苗中午萎蔫，早晚恢复。严重时病斑绕茎一周，秧苗枯萎死亡但是不倒伏。发病部位为同心轮纹以及淡褐色蜘蛛网状霉层。
防治措施：可用1000倍甲基立枯磷药液灌根防治。
4、茎基腐病
茎基腐病主要发生在育苗中后期和育苗后。在茎基腐病的早期，茎基腐病在茎基部是暗褐色。当暗褐色严重时会感染茎周围和根部。表皮腐烂易脱落，幼苗枯萎死亡。
防治措施：可用1200倍30%的倍生药液灌根防治。
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