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主体不同，花芽由花朵或花序组成，叶芽包括芽轴、叶原基、幼芽、腋芽原基、生长锥、鳞片等；特点不同，花芽是生理和形态的标志，而叶芽是分生组织；外形不同，花芽饱满充实，叶芽变短瘦小；发展不同，花芽取决于芽生长点的浓度，而叶芽的幼芽腋内的突起形成腋芽，起到保护作用。
1、主体不同
因为花芽是叶芽分化而成的，所以果树的花芽初期与叶芽很难区别，果树花芽是由未发育的一个花朵或者一个花序组成的，外面会有鳞片的包围，而叶芽包括芽轴、叶原基、幼芽、腋芽原基、生长锥、鳞片等。
2、特点不同
花芽是由营养的生长向生殖的生长转变的生理和形态的标志，这一过程是由花芽分化前的诱导阶段及之后的花序与花分化的具体进程所组成，而叶芽的生长锥是中央顶端的分生组织，周围的大型突起就是后期长成叶子的叶芽。
3、外形不同
叶芽的叶腋芽体扁短小，多呈三角形紧贴附在枝条上，顶叶芽芽体瘦小且直立，颈部较粗。而花芽的腋花芽着生在健壮发育枝的秋梢部，牙体肥厚长椭圆形，顶花芽颈部较细芽体饱满充实，外形有明显的棱起。
4、发展不同
花芽取决于芽生长点细胞液的浓度，细胞液浓度又取决于体内物质的代谢过程，同时又受体内内源调节物质的制约。而叶芽幼芽腋内的突起，将来形成腋芽，鳞片包围在芽的外面，起着保护作用。
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