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加菲猫的基因缺陷包括鼻子很短、容易流眼泪、身体素质差等。加菲猫作为人工培育出来的品种，由于鼻腔很短，所以很容易患有呼吸疾病。而且加菲猫经常流眼泪，从而造成较深的泪痕。因为身体素质较差，也会经常生病。
加菲猫的缺点
1、鼻子很短
加菲猫最突出的特点就是鼻子短，这是它们的主要特征。但也由于加菲猫鼻腔较短，很容易就会得呼吸道疾病。而且吃东西也比较费劲，不容易叼到食物。
2、容易流眼泪
眼部结构有着天然缺陷，很容易导致加菲猫流泪。加菲猫眼周围的分泌物如不及时擦拭，会留下严重的泪痕，同时还会伴随眼睛发炎的风险。几乎每只加菲猫都会有不同程度的眼疾，在护理加菲猫眼睛的时候，需要选用专用的眼药水或者眼膏，不可以人用的眼膏或药水等替代，否则会给加菲猫的眼睛带来不可逆的伤害。
3、身体素质差
作为人类干涉下培育出来的品种，加菲猫在基因上有先天的不足，比如抵抗力差。而且还会有一定几率患多囊性肾病、致死呼吸困难、心室肥大症等多种遗传病，它们需要主人更多的呵护和照顾。
4、不会埋便
大部分纯种加菲猫不会埋便，它们缺少祖先流传下来的习惯，人类认为完美的猫种，在自然中若是非常脆弱的存在，加菲猫离开人类的照顾，在复杂的野外条件下就会难以生活。
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