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1、消化系统
消化系统由消化道和消化腺组成。食物从口腔进入消化道，经机械作用和化学分解过程，才能够被蜈蚣吸收和利用。消化道简单，从口到肛门为一条纵贯身体中央的直管道，口后为膨大的咽，它的收缩有利于吸吮食物。咽后的消化道为前肠、中肠及后肠三部分。前肠及后肠都很短，中肠却很长。前肠主要起着接受、运送及初步消化食物的作用。中肠是食物消化及吸收的主要场所，后肠担任形成粪便及运送至尾节的肛门排出体外的任务。消化腺为一对葡萄状的唾液腺，通过唾液管开口于前肠，唾液腺能分泌含有消化酶的唾液，能够湿润及初步分解食物。
2、呼吸系统
蜈蚣以气管系统进行呼吸。气管是体壁内陷而成的弹性管状构造，壁上具有几丁质的螺旋丝，可支撑气管以利气体流通。气管有许多分支，分布在体内体壁的细胞与组织之间。气管在身体两侧有与外侧相通的开口——气门，它是气管形成时留下的陷口，蜈蚣共有气孔6对，分别在第4节、6节、9节、13节和15节，其他各节都退化了，仅保留一点痕迹。各气门有关启装置，使气门可开闭，开启时气体出入无阻，闭合时可防止体内水分蒸发及外物入侵。
3、循环系统
蜈蚣的循环系统为开管式循环，但比较发达，管状的心脏在消化管的背方，贯通躯干部，并有围心膜包围，由后向前进入头动脉通向头部各个器官。除前行的背血管外，还有一对侧动脉包围了消化管并在消化管的腹面汇合成神经上血管，这些血管有分支进入血腔。此外，蜈蚣除末端几节外，在每节有一对心孔，心孔为血液从血窦进入心脏的开孔。
4、排泄系统
蜈蚣的排泄气管为马氏管。它是着生在中后肠交界处的不分支的盲管。马氏管的盲端游离在血腔中，并自血液中吸取代谢所产生的废物，把它送入后肠，经后肠重新吸收水分后，由肛门连同粪便排出体外。
5、神经系统
蜈蚣的神经系统和蚯蚓相似，属链状神经系。包括1个脑神经节，由神经分布到触角和眼，有两条神经连食道下神经节，食道下神经节有神经连大颚、2对小颚和颚足。此后则为2条后行的腹神经索和每节一对神经节，随体节的愈合神经节也愈合，每对神经节又发出神经到每个体节，以调节身体的活动。
6、生殖系统
蜈蚣为雌雄异体。蜈蚣生殖系统的生殖腺均在消化管的背方，是单一的卵巢或精巢，由一条生殖管，即输卵管或输精管，后来分为两条，绕消化道而下，分别开口于雌雄生殖孔。此外还有两对附性腺通生殖管的末端，雌蜈蚣有2个受精囊，雄蜈蚣有2个储精囊，它们皆通到输卵管和输精管的末端。雌蜈蚣在卵粒成熟时充面体腔，临产前的母体，在受精囊内储有精子，使发育完全成熟的卵子在排卵时能与精子结合，成为受精卵而排出。
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