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叶斑病
主要危害甜椒叶片。发病初期为黄绿色不规则水浸病斑，扩展至红褐色或深绿色。病斑大小不同。干燥时，病斑多为红棕色。一旦感染，扩张速度非常快。植物的单叶或大部分叶子都有毛，植物还能生长。严重时会引起落叶。该病通常是病原菌在种子和病残体上越冬，经风雨传播，从伤口侵入，连作和十字花科市场发病率低，高温雨季易传播。
防治方法：合理轮作，高畦栽培，雨后及时排水，避免漫灌，播种后进行拌种消毒处理，收获后彻底清田，清除病体，深耕。在发病初期，硫酸链霉素可每7-10天喷一次，每次2-3次。
传染病
苗期侵染茎基部离地较近时，会出现深绿色水淹软腐病症状，然后发生倒伏或枯萎；成株发病时，叶片上出现深绿色水斑，扩大的叶片上出现大的软腐病，病部以上的枝叶迅速枯萎；当根患病时，茎基部的患病部分会绕着茎旋转。这种病是由辣椒疫霉引起的。病菌在病钵和土壤中越冬，通过风雨、泼水等途径传播。病原体可引起多次。
防治方法：本病的发生与气温、降水、浇水密切相关。应控制浇水频率和浇水量，避免田间积水。当地面温度过高时，尽量不要浇水，雨后及时排水。在发病初期，可以喷上灰霉病，病情严重时，可以喷上磷化铝。
软腐病
软腐病主要危害果实。发病初期，果实出现深绿色斑点，呈水渍状，果实变褐、腐烂，直至全部腐烂，病果常脱落或挂在枝上，干燥后变白。病原体是一种细菌病原体。第二年病渣在土壤中越冬时，通过雨、雨、灌传播。当情况合适时，它会从伤口侵入。发病后通过棉铃虫、烟草夜蛾和雨水传播，在雨天和高湿度条件下易传播。
防治方法：合理密植，适时播种，培育壮苗，雨季及时排水，不及时，加强通风，降低湿度，同时防治棉铃虫、烟草夜蛾等蛀虫。硫酸链霉素、硫酸链霉素、美拉唑每7～10天治疗2～3次，可控制病情。
蚜虫
一般在种植甜椒后一周左右，用玉米粉炒熟，掺入50%辛硫磷或敌敌畏等杀虫剂，晚上均匀地洒在花椒地表面，每亩1-2公斤。每隔一周，连续2-3次，也能有效控制蚜虫。
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