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西红柿枯萎病的原因有三个，一是土壤水分过高，二是移栽过程中根系的损伤。另一个原因是生长弱的植物容易感染枯萎病。枯萎病是一种土传病害，重茬地块容易出现连年发病。已经发生枯萎病的棚室，如果不及时对土壤进行处理，下茬蔬菜必将受害。
萎蔫的植物要及时移栽，带出大棚深埋。病株周围的土壤应消毒。可用甲霜恶霉灵或者多粘类芽孢杆菌等生物制剂处理土壤。
病株周围的植物也应及时浇灌，以防病害发生。一般可用氰烯菌酯、多菌灵等，进行灌根或者冲施，来抑制病害扩展。
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