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南黄喉水龟头色很暗淡多为深古铜色，比北喉的青色、黄色要深。北黄喉水龟从金色到黄色再到青色头色变化很大，但一般或多或少带些青色、黄色不成深古铜色。南黄喉水龟眼后的有两道非常宽的黑线夹着中间贯眼的黄色纵纹(黄色纵纹也比北喉要粗)，色差极明显;而北喉的贯眼的黄色纵纹细仅具很细的黑色边框，黄色纵纹与头色色差不明显。
二、 中线
南黄喉水龟的背甲黑色背中线非常明显从颈盾一直贯穿到最后的缘盾，而北黄喉水龟即使有背线也不宽颜色也很淡，常不连贯。南黄喉水龟的黑线部分的中央 纵棱突起较明显，北黄喉水龟的中央纵棱突起不明显。(北黄喉水龟)背甲黑色中线有些完全不具而大多数会有点，(北黄喉水龟)的背甲如果具黑色中线，一般也不会从头到尾，并且也不如南喉明显，(南黄喉水龟)在苗子期间就具有很明显的黑色背中线。
三、背甲中部缘盾
南黄喉水龟的背甲给人感觉很平展，从上向下俯视可以看到一圈缘盾，而北喉背甲从上向下俯视无法看到背甲中部的缘盾。
四、腹甲
北黄喉水龟腹甲黑斑差异很大，有大有小，小到没有(象牙)，大到黑斑几乎填满腹甲整个盾片;南喉的腹甲黑斑通常较大，并且每块盾片的黑斑前后链接构成一个弧 形，两侧对称，俗称嘴唇纹黑斑。
五、公喉腹甲凹陷程度
北公黄喉水龟的腹甲凹陷较南喉小，南公黄喉水龟的腹甲凹陷极大，像个大坑 ，集中在中部。
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