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培养基管理
为了提高床层的透气性，排出床层内的不良气体和有害菌丝的代谢产物，使床层和菌丝尽快恢复。切割要求和方法：从菌床底部向上用竹棍或尖木棍或尖钢筋捅孔，孔距12-15cm，以捅至土层疏松为宜。切割时，床面应覆盖薄膜，防止上层培养物落入下层菌床。
水肥管理
为了防止干床影响菌丝体的正常代谢活动，蘑菇房一般应采用冬季湿润的方式。如果冬菇房干燥，要检查菇床的含水量，保持水分，必要时洒水。在冬季，喷水应与追肥相结合，而不是用水。如果菌丝生长较弱，可用缬草素和1%葡萄糖水或0.25%尿素和0.5%磷酸二氢钾加水混合喷洒。如果菌丝生长正常，最好用猪、牛和人尿稀释液，晴天中午喷水。0℃以下施肥不适宜，防止菌丝体冻伤。越冬期间，应喷2%石灰澄清剂一次或两次，以调节土层的pH值。
通风管理
冬季保温通风，气温较低，菌丝活力明显减弱，为了保持菌丝生长缓慢，必须加强蘑菇房的保温。温度应该在3-4℃ 注意通风。
菌床修整
菌床整修菌床整修包括松土、去老根、去废料、补土等，应切断供水，增加通风，使细土干燥，使松土翻土时不易折断。应该在同一天一张床一张床地做。整育后，应采用洒水、追肥和细土覆盖（6-7kg/㎡）相结合的方式保护再生菌丝生长。
菌床完成后管理
第一类菌床应简单处理。先将石灰粉均匀地撒在土层表面，用量约为13kg/㎡，然后用短钉齿松细土，再将土层中的老菌丝和死蘑菇清理干净，再将床面清理干净，补细土。
对于第二类菌床，先将细土刮到一边，然后将竹签或齿叉斜插到土层中撬开粗土，将枯黄的菌丝、老蘑菇根和枯干的无再生能力的菌索捡起来。然后将粗土整平，覆盖细土，均匀撒上石灰粉，用量为每100平方米15kg，再加入新的细土。
可在粗土上撒少量新配制的培养料，并从底部培养料中挖出一些白色的菌丝作为细菌，撒在新料上，再用细土覆盖，然后在床面上喷一次水或石灰澄清液。喷完后3-5天加一层细土。
做好蘑菇屋卫生，保持地面清洁，地面撒石灰粉，墙面刷石灰浆一次。每20天喷洒一次杀虫剂，减少病虫害越冬次数。只有控制好明年春季的温度和水分，才能实现稳产高产。
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