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萌芽期管理
出芽期是金针菇结实后的第一个阶段。此时，菌丝体已生长，子实体生长缓慢。以往的管理比较喜欢菌丝生长，光照和通风都不是很强，湿度也不是很高，极不利于菌丝的生长发育。因此，在花蕾期应定期开气孔，并进行一定程度的通风，增加蘑菇房内的氧气浓度，有利于细菌的生长。同时，我们还应该增加蘑菇房的光线。此时，由于菌丝体和菌丝体的安全性不同，菌丝体完全可以无光，菌丝体的生长需要弱散射光。除了光线和通风，湿度也需要调整。此时，湿度应控制在90%以上，这样有利于细菌的生长发育。
驯化期管理
出芽后，很快进入驯化期。这时，大部分细菌长到1厘米左右。此时，有必要进一步调整蘑菇房的湿度。湿度应控制在75%左右，否则会抑制子实体的生长，造成生长不均。为了驯化子实体，我们应该先把温度提高5度。驯化结束后，即子实体适应后，应将温度提高10度。这样可以加快细菌的快速生长，并且生长会更加有序。
延长期管理
经过驯化期，我们进入最后一个阶段的结果，即延长期。此时，管理对果实整齐与否有很大的影响。此时，子实体长到2-3厘米左右，进入旺盛生长期。为了使细菌生长更快，可将细菌袋完全打开，使更多的氧气进入，促进细菌的伸长，使其生长更加有序。此时温度应控制在10度左右，湿度应控制在85%-90%。如果湿度没有上升，可以通过喷水来增加湿度。喷洒水量应根据细菌的生长速度来确定。一般来说，中期生长较快，喷水量应较大。为了更快地生长，必须用弱光照射菌丝体，这样可以诱导菌丝体伸长，使柄变长。
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